Minhas recomendações seriam usar o Notion, caso pense em expandir a equipe no futuro, aliado ao GitHub Projects. Mesmo que somente você vá codar, isso ajuda a manter a organização e a criar uma timeline de desenvolvimento. Também facilita saber onde parou caso precise se afastar do código por um tempo (como no meu caso, devido a trabalho, família e imprevistos da vida).

Recomendo ainda colocar essas informações no README.md, seja por redundância ou para projetos abertos e colaborativos.

Outra ferramenta que gosto de usar é o dbdiagram.io, que fornece uma visão visual do fluxo de dados, o que ajuda bastante a estruturar toda a implementação.

Lembrando: sou um novato, essa é a minha forma de organização. Nunca trabalhei na área, mas acredito que essas dicas já ajudem bastante a economizar tempo na hora de codar. Aceito dicas também, para melhorar meu fluxo de desenvolvimento. :D