Bati o olho no "nada daquilo estava num repositório git" e pensei exatamente na mesma lição, só que uns 3 anos atrás, com um NAS que corrompeu a RAID enquanto eu tinha scripts de automação só lá dentro. Mas acho que o ponto central não é só git, é separar "código" de "estado". Git salva a aplicação, mas não salva banco de dados, volumes de container, certificados, configs geradas em runtime. Se o Proxmox é o host crítico que você não deixa a IA tocar, faz sentido ter o PBS (Proxmox Backup Server) rodando snapshots incrementais pra outro disco/site, independente do git. Isso teria evitado até a reconstrução manual.
Sobre a IA reescrevendo o código: funciona bem quando você sabe exatamente o que a aplicação fazia e consegue validar o comportamento. O risco que eu vejo é reconstruir algo "parecido" mas com bug sutil de lógica que só aparece semanas depois, porque não tinha testes pra comparar com o original. Vale documentar isso também, não só o repositório.