Olá, você até pode subir variáveis de ambiente no github, se forem variáveis de desenvolvimento, que não tenha valor significativo.

Se você esta tentando subir seu front em uma VPS, você deve criar e alterar manualmente o arquivo.env, por exemplo com acesso SSH.

Tudo depende de onde está tentando subir seu app.

Alguns frameworks também tem suas especificidades, por exemplo o nexts.js, para o cliente ter acesso a variáveis de ambiente, as mesmas precisam iniciarem o nome com NEXT_PUBLIC