O maior problema de suply-chain ataques é que não existe nenhuma biblioteca oficial que esteja imune a isso. Vide o caso do ataque na biblioteca xz-utils do linux.

Novamente, uma forma de mitigar isso seria a adoção de promessas por parte dos pacotes como dito neste post ou se possível evitar ao máximo de uso de bibliotecas de terceiros na maior parte dos programas