Também estou criando meu próprio SaaS, comecei criando com repositórios separados, mas na hora de criar feature de verdade ainda mais nesse começo é bem mais rápido ter tudo em um único repositório

E a questão do deploy, eu sinceramente não vejo dificuldade de colocar um ./back-end e um ./front-end na hora de fazer deploy kkkkk

E se o SaaS ficar tão grande a ponto de precisar de um time maior e for fazer mais sentido separar os repos, acho que você vai encarar esse problema sorrindo já que provavelmente teu projeto já vai estar faturando muito bem nesse ponto kkkkkk