Depende do seu caso. Mas, atualmente, a abordagem mais recomendada é assinar um serviço especializado que cuide de toda a transação financeira. Esses serviços lidam com a parte burocrática com os bancos e oferecem uma API que você pode integrar facilmente no seu sistema. A desvantagem é o custo, já que você precisará pagar por essa facilidade.
Em resposta a Integração com PIX e Boletos
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A ideia é poder gerar uma espécie de carnê para os clientes, com um código de barras referente ao boleto (ainda umas das opções mais usadas pelos brasileiros) e o QRCode Pix estático, ambos com data de expiração para gerar recorrência mensal.