Meus 2 cents,
Questao historica - este tipo de costume nasceu no shell UNIX e depois herdado no Linux e tambem no DOS/WIN311/etc, onde era comum usar variaveis de ambiente para configurar o funcionamento de sistemas e aplicacoes.
Nos anos 80/90, p.ex., era comum setar no CONFIG.SYS e AUTOEXEC.BAT algumas chaves (como FILES=150, DEVICE=C:\DOS\HIMEM.SYS, DOS=HIGH,UMB, SET CLIPPER=F150, PATH) que determinavam uso de memoria e quantidade de arquivos que poderiam ser abertos por um programa
No shell do Unix/Linux/BSD isso era ainda mais presente, com estruturas de configuracao razoavelmente complexas.
Quando voce instala um ORACLE em um LINUX, as variaveis de ambiente ditam varios comportamentos, PATHs (diretorios onde procurar executaveis), LIBs e assim por diante.
Entao os DEVs ja estavam acostumados a terem arquivos de configuracao do ambiente.
Entretanto - era comum cada aplicacao ter aplicativos de configuracao especificos (no WINDOWS, p.ex. eram os ".ini", no LINUX em /etc ou /opt), alem de outros locais (como o registro do WINDOWS).
Enfim - a ideia/conceito de usar um local para armazenar a configuracao de um app ja existia para o DEV, era algo comum, apenas nao era padronizado.
As fontes historicas indicam que o uso do .env em especial eh uma derivacao das configuracoes que o "Heroku" utilizava para aplicacoes que eram hospedadas la, mas que era configuradas atraves de um painel proprio e do papel do manifesto "12 factor app" sobre configuracao de ambiente de uma aplicacao:
De qualquer forma, o ".env" era apenas uma padronizacao do que ja era feito com as variaveis de ambiente, entao meio que foi uma evolucao natural.
Provavelmente outros DEVs oldschool tambem irao trazer sua visao sobre o assunto.
Saude e Sucesso !
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