Sinceramente essa mudança já estava anunciada a meses.
Lembro de receber avisos sobre isso na metade do ano da minha contadora!
Se você não recebeu esses avisos recomendo contratar um escritório melhor
Em resposta a Como esta a emissão de notas NFSE
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Então, mas, neste caso não tem haver diretamente com a contadora. A reforma deixou em aberto para as Prefeituras escolher continuar usando o sistema delas e apenas padronizar com o nacional, ou, mudar para o nacional.
Logo, quem bate o martelo se iria mudar ou não era a Prefeitura, como eles não avisou, ficamos acreditando que eles iria fazer igual SP, que só mudou detalhes no Layout, mas, não mudou nada na API dos sistemas.
Eu tenho CNPJ em São Paulo e no Pará, neste caso a Prefeitura do Pará que demorou a decidir e quando decidiu, foi aos 45 min do segundo tempo.
Já em São Paulo, não precisei fazer nada, tudo fluindo normal em nossas API com eles.