Acho que entendi.
Existe uma falta de sincronia/confiança entre as notas enviadas e confirmadas do sistema de vocês e o ambiente nacional, correto?
Se for isso, passamos por algo parecido na SEFAZ do CE anos atrás, e nos resolvemos criando uma rotina diária que:
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Consultava todas as notas que passava pelo nosso sistema, seja com sucesso ou com falha. Após obter o resultado da consulta, decidíamos se podíamos fazer algo (cancelar, ativar, .. ) automaticamente, ou se enviávamos um relatório de inconsistência para o cliente tratar manualmente.
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Consultava todas notas emitidas no CNPJ.
De fato, esse item 2, não existe no momento para o ambiente nacional, então, no momento não tem como fazer.
Teria que fazer algo manual, logando no emissor web com o certificado digital e baixar o xml manualmente.
Uma ideia é tentar automatizar esse ultimo passo, mas como tem recaptcha seria um pouco difícil.