Computer Systems's a programmer perspective é um ótimo livro que se aprofunda em fundamentos. É um livro denso, e por isso recomendo ler apenas os 4 capítulos inicialmente, e então ler o resto sob demanda. Além disso, livros como algoritmo e estrutura de dados são muito importantes. Há também outros livros muito bons que não necessariamente é teórico, como The pragmatic programmer (essencial do meu ponto de vista).