O A3 é interessante por ser "físico" e em algumas situações acaba sendo uma vantagem, mais a grande maioria dos sistemas vem deixando de lado o suporte a eles, por isso pra acesso fiscal/governo o ideal é realmente o A1.
Mais ótimo passo-a-passo parabens pelo conteúdo.
Respondendo a "Cara, certificado A3 dá muito problema, melhor..." dentro da publicação Fazendo meu certificado digital funcionar no Ubuntu
1