O erro não é discordar do cliente, é assumir o risco por ele
Você não deve simplesmente obedecer, porque:
daqui a 6 meses o sistema continuará lento
daqui a 1 ano o cliente vai reclamar de manutenção
daqui a 2 anos você será culpado por algo que avisou antes
Faça o seguinte:
1º Documente por escrito:
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os problemas do modelo atual
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os riscos de escalabilidade
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as limitações futuras
2º Documente sua proposta com benefícios claros:
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manutenção
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performance
-
segurança
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evolução
3º Apresente duas opções formais:
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implementação conforme especificação atual, sem garantia de performance futura
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implementação com refatoração estrutural, garantindo base sólida.
E peça uma decisão registrada.
Se o cliente escolher a solução ruim, você executa, mas:
com escopo claro
com responsabilidade técnica delimitada
sem assumir culpa futura