docker system prune -a --volumes

Esse tipo de comando é perigoso, ele vai zerar tudo que não estiver rodando no exato momento, incluindo suas imagens base (PHP, Alpine, etc.) e volumes de bancos de dados que não estejam ativos.

O recomendado e verificar as coisas com calma. Existe comando para listar imagens, conteiners, volumes e redes. Assim pode avaliar o que realmente deveria ser descartado e fazer com segurança.

Concordo com você sobre a limpeza esporádica.