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Cara muito interessante, como o CH é um OLAP, ele não tem mesmo suporte nativo a id autoincrement, o que eu sugiro você fazer é ou gerar unixtime com microsegundos ou um uuid que ele tem por padrão:

CREATE TABLE minha_tabela (
    id UUID DEFAULT generateUUIDv4(),
    nome String,
    ...
) ENGINE = MergeTree()
ORDER BY id;

Mas vai ficar lento porque é v4, ai teria que criar uma tabela index para fazer o de para do uuid. Mas tem solução hahaha. Lembre-se que o MergeTree não tem ACID, se quiser algo transacional, use o TinyLog ou outra engine dele.

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opa, muito obrigado pelas dicas.

mudei de MergeTree pra replacingMergeTree porque os dados que estou manipulando possuem duplicações e quero remover isso na medida do possível. tanto que depois de migrar pra essa engine, a contagem reduziu de 44bi pra 36bi só removendo duplicatas.

vou pesquisar sobre essa tinylog
tinha visto sobre uuidv4 mas não encaixou bem na minha situação, então deixei sem ID mesmo.