Cara muito interessante, como o CH é um OLAP, ele não tem mesmo suporte nativo a id autoincrement, o que eu sugiro você fazer é ou gerar unixtime com microsegundos ou um uuid que ele tem por padrão:
CREATE TABLE minha_tabela (
id UUID DEFAULT generateUUIDv4(),
nome String,
...
) ENGINE = MergeTree()
ORDER BY id;
Mas vai ficar lento porque é v4, ai teria que criar uma tabela index para fazer o de para do uuid. Mas tem solução hahaha. Lembre-se que o MergeTree não tem ACID, se quiser algo transacional, use o TinyLog ou outra engine dele.