Concordo. Quando comecei a usar o DBeaver eu sofri bastante com a configuração padrão dele. Alterei pra executar tudo o que está no arquivo de uma vez.

No meu caso sofri bastante porque a maioria das Queries que faço eu uso variáveis declaradas, então era horrível ter que ficar selecionando o arquivo inteiro para que ele entendesse que eu queria a declaração das variáveis junto na execução.

E, por garantia, eu não tenho costume de misturar queries com intenções diferentes no mesmo arquivo. Se a minha intenção é um UPDATE ou DELETE, eu abro um novo arquivo para fazer a query específica. Além de garantir usando TRANSACTION.