Pergunta ótima — e bem honesta, porque é exatamente o ponto de partida que eu também tive. AGENTS.md e specs versionadas no repo resolvem uma parte do problema, mas batem num teto rápido. Algumas diferenças concretas:

1. Rules vs. histórico: AGENTS.md é o que um humano lembrou de escrever. MOM é o que foi efetivamente decidido na conversa — a captura é contínua, sem você precisar lembrar de salvar. Toda resposta que o Agent te dá a interação User<>Agent e o contexto é automaticamente salva.
2. Markdown corrido vs. memória estruturada: Um SPEC.md vira um blob que você joga no contexto inteiro toda sessão. MOM trata cada decisão / padrão / fato como um documento tipado, com tags, ciclo de vida e escopo. O Agente puxa só o que é relevante via MCP, em vez de carregar 40kb de markdown a cada turn.
3. Sem citação vs. com citação: SPEC.md lido como contexto pode ser parafraseado e alucinado pelo modelo. Toda resposta da MOM vem com o ID da memória de origem — se não está salvo, ela diz que não está.
4. Pessoal vs. compartilhado: AGENTS.md no repo funciona pra um usuário. Quando o time cresce, você precisa compartilhar contexto e ai que a estrutura inicial da MOM comba com o que está por vir: classificação, controle de acesso, dedup entre repos, detecção de conflito — tudo coisa que markdown solto não resolve.
5. Harness-específico vs. agnóstico: AGENTS.md / CLAUDE.md / .clinerules são cada um pra um runtime. MOM é um servidor MCP — o mesmo memory atende Claude Code, Cursor, Codex, Windsurf de uma vez. E se você decide mudar de harness, só continuar usando a MOM que suas memórias estarão lá.

Resumindo: o Karpathy descreveu bem essa categoria no gist do "LLM Wiki" — markdown + AGENTS.md é o protótipo manual da ideia. MOM é tentar montar a infra pra fazer isso escalar sem virar um wiki abandonado. É produtizar uma dor que todo mundo está sentindo.