Não entendi se é o caso mas pelo que eu entendi, você fragmenta um arquivo origem em vários pedaços, depois fragmenta o arquivo alvo e tira esses diffs comparando pedaço a pedaço e manda esses fragmentos?

Aí você manda esses pedaços e o arquivo original (que pode ser feito uma vez só) e o arquivo é remontado?

Se for isso qual a vantagem do seu pro OSTree?