Mas, você não paga somente o ISS (imposto sobre serviço). Cada cidade tem as suas regras, a meu exemplo os cálculos são:
- 6% de DAS no CNAE de desenvolvimento, pois aplico ao Fator R (já incluído o 2,01 de ISS);
- 28% de pro labore bruto, para aplicar ao Fator R e pagar menos DAS;
- 11% de INSS, arrecadação obrigatória por exercer atividades na empresa;
- 27,5% de IRPF, aplicável a faixa do meu pró-labore;
- Além do custo com contabilidade e afins.
Não estou dizendo que PJ não ganha, mas PJ também paga impostos da mesma forma. A econômia que a empresa tem te contratando e aumentando o seu "salário", é o custo que você tem para manter a empresa.
Qualquer coisa diferente disso:
- O desenvolvedor está retirando um pró labore na faixa mínima para não incidir IRPF;
- O desenvolvedor está declarando nota fiscal em CNAE não compatível com a atividade exercida (menos imposto);
- O desenvolvedor se declara como sócio investidor para não reter INSS.
As ações acima podem levar à malha fina, mas aí é do risco de cada um... Também pago todas as coisas por conta própria, invisto e tudo mais, mas eu ganho muito e não tenho exclusividade (presto sob demanda e vendo/licencio software). Não é o caso da maioria e, nessa, a maioria acaba fazendo uma escolha equivocada.