Cara, respira. Isso não é um servidor. É um ecossistema de auto-suficiência digital... O tipo de coisa que se constrói durante anos, não num fim de semana...
Não, não tá faltando nada. Tá é sobrando demais.
Docker é ótimo quando você precisa distribuir uma aplicação para um ambiente que não é o seu quarto... NFS e SMB? Cara, escolhe um e manda bala. E Netdata? Qual é a lógica de monitorar uptime de um servidor que só você acessa?
Começa pequeno. Roda o que você realmente usa. Tira o resto. Segurança não é opcional. Se for abrir pra internet, não abra. Se insistir, bota tudo atrás do nginx + SSO decente.