Fala donoDoItau, obrigado pelo feedback.

Sim, os analistas recuperam os XMLs das notas, principalmente NFC-e (modelo 65) e CF-e (modelo 59), que são usados na apuração e nos relatórios fiscais de entrada e saída.

Sobre a automação, não existe um web service público padronizado que resolva esse fluxo de ponta a ponta. A SEFAZ até disponibiliza alguns serviços e portais voltados para consulta e download, mas eles variam bastante por cenário e não são pensados para processamento em escala.

No meu caso, implementei uma integração mais específica para esse contexto, então não consigo abrir muitos detalhes por questões de confidencialidade.