Na minha experiência, a principal diferença está na forma como os usuários encontram e retornam ao aplicativo. Um PWA, por ser hospedado na web, depende de um marketing digital direcionado (como SEO, redes sociais e anúncios) para que as pessoas o descubram e se engajem. Já o aplicativo nativo se beneficia da descoberta orgânica dentro das lojas da Apple e do Google, pois os usuários já têm o hábito de procurar e baixar soluções diretamente por lá.

Contudo, como mencionei, essa é a minha vivência, e a decisão envolve muitos outros fatores. Destaco três pontos que considero essenciais:

Seu aplicativo precisa de acesso direto e intensivo a recursos do dispositivo (como sensores avançados, Bluetooth, ou processamento em segundo plano)? Se sim, a escolha ideal é o Nativo.

Seu aplicativo é para um público específico e controlado, como usuários internos de uma empresa que não possui uma conta de desenvolvedor nas lojas de apps? Nesse caso, o PWA é a solução perfeita, pois evita a burocracia das lojas.

Você não tem uma equipe grande ou recursos para desenvolver para múltiplas plataformas (iOS e Android) e precisa de uma solução mais rápida e com custo reduzido? O PWA é mais vantajoso, por ter um código-fonte único.

Recentemente, na minha aplicação (https://kibusao.com/), adotei uma estratégia mista: lancei primeiro como PWA para validar o produto rapidamente. Como também tenho uma conta no Google Play (https://play.google.com/store/apps/details?id=com.faustinopsy.kibusaox), utilizei o Capacitor para gerar uma versão "nativa". Na prática, é um aplicativo híbrido, pois todo o desenvolvimento foi feito com tecnologias web (HTML, CSS, JavaScript), e o Capacitor simplesmente criou uma camada nativa que funciona como um navegador interno, permitindo que o app seja publicado na loja.