Sendo o CNPJ formado por 14 dígitos, e considerando que:
Os 8 primeiros: são o número base da empresa (identificação única).
Os 4 seguintes: Código da filial (matriz sempre têm 0001, filiais podem ter 0002, 0003, etc.).
Os dois últimos: Dígitos verificadores, usados para validar a autenticidade do CNPJ.
Acredito que as letras irão compor apenas o número base. E a fórmula para calcular o dígito verificador deve mudar.
Fonte: https://www.contabilizei.com.br/contabilidade-online/o-que-e-cnpj/