Essa discussão PC x Notebook em produtividade é bem comum, e a resposta depende de alguns vários fatores:

• Performance
• Ergonomia
• Mobilidade
• Sistema Operacional
• Custo
• Entre outros pontos que vão ser mais pessoais

No geral, trabalhar num desktop com boa configuração e monitor(es) costuma trazer mais produtividade que num notebook sozinho, mas vai de cada um.

Eu por exemplo preso por mobilidade, o que um desktop não vai me dar.