Exato, é isso mesmo.

Hard links só funcionam dentro do mesmo sistema de arquivos. Então, se o store estiver em C: e o projeto em D:, o Windows não consegue criar o link.

Na verdade isso acontece no windows, mac ou linux, hard links não são compartilhado/atravessam partições, volumes ou pontos de montagem diferentes. É uma característica do sistema de arquivos, não é uma decisão do phpm.

Hoje o store fica no perfil do usuário (normalmente em C:), então na maioria dos casos funciona sem nenhuma configuração extra. Mas para cenários com múltiplos discos eu estou considerando algumas opções:

Fazer fallback automático para cópia quando o hard link não for possível.
Permitir configurar a localização do store para que ele fique na mesma unidade dos projetos.

Por enquanto, a solução é manter store e projeto no mesmo volume.

Valeu por me lembrar desse caso. É o tipo de detalhe que eu quero validar antes de fechar o comportamento. Se você testar em um ambiente com múltiplos discos, me avise como ficou o resultado.