Já usei bastante SSMS e DBeaver e particularmente para mim, o modo que o DBeaver executa instruções é o melhor: Executar a área selecionada pelo cursor, se não selecionar nada executa a instrução da linha (ou até o ponto e vírgula mais próximo).
Se quiser executar tudo deve selecionar propositalmente tudo (só dar CTRL A).
No SSMS acontecia muito de eu estar num arquivo com vários comandos, e sem querer dar um F5 e não perceber que tinha um DELETE, UPDATE etc. escondido ali no meio.