São coisas bem diferentes mano, npm é somente o gerenciador de pacotes. O bum é um "Runtime" completo, ele vai interpretar o seu código, testar etc.
Pense que temos o node + npm(nativo), um vai interpretar o codigo o outro vai instalar as dependencias.
Enquanto do lado do Bun, temos somente ele que faz amabas as coisas.