Eu também trabalho em um software um pouco maior (mais de 55 mil arquivos, quem dirá linhas).
Também leva bastante tempo para organizar e subir tudo.

Ajusta "tudo" e sempre falta alguma coisa para arrumar. Isso porque tem um arquivo de exemplo com as variáveis de ambiente. Se fosse adivinhar as variáveis de ambiente, estava lascado (quase 200 linhas, sem contar comentários).