Legalmente não pode ser MEI para Desenvolvedor. Existe um projeto de lei em tramitação para incluir as atividades de Desenvolvedor no MEI, mas ainda não é lei.

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Certamente um contador vai te orientar melhor como pagar menos imposto em cada caso. Inclusive nesses exemplos que pesquisei rapidamente, ambos abrem a sua empresa "gratuitamente".

Tem uma galera que usa outros CNAE, mas não é o correto. Se a fiscalização morder, ela arranca pedaço.

Eu mesmo trabalho como CLT, mas tenho colegas que são PJ. Uma vez denunciaram para o sindicato e eles bateram aqui. Processinho comeu.