É apenas uma convenção (uma regra que muitos adotaram e que acabou sendo disseminada). Não é obrigatório, mas se vc fizer diferente com certeza causará estranheza com quem está acostumado.

A convenção é que opções que são compostas por apenas um caractere são precedidas por um hífen (como ls -l, por exemplo). E existe a possibilidade de combinar mais de uma opção, ou seja, em vez de ls -a -l, posso fazer ls -al.

Já as opções longas (com mais de um caractere) foram criadas muitas vezes para dar mais clareza (já que correspondem a palavras completas), e convencionou-se usar dois hífens antes delas (como ls --help).

Alguns comandos possuem ambas as alternativas para muitas opções. Por exemplo, a saída de ls --help mostra algumas delas:

  -a, --all                  do not ignore entries starting with .
  -A, --almost-all           do not list implied . and ..
      --author               with -l, print the author of each file
  -b, --escape               print C-style escapes for nongraphic characters
      --block-size=SIZE      with -l, scale sizes by SIZE when printing them;
  -c                         with -lt: sort by, and show, ctime (time of last
                               modification of file status information);
                               with -l: show ctime and sort by name;
                               otherwise: sort by ctime, newest first

Ou seja, ls -a seria o mesmo que ls --all. Já a opção -c não possui um equivalente "longo".

Repare que também seria possível fazer ls -all, mas aí estamos passando a opção -a mais a opção -l duas vezes, que além de redundante, é diferente de usar --all (pois este é equivalente a passar apenas a opção -a). O uso dos dois hífens faz toda a diferença.