Já notei comportamentos assim no Antigravity. Eu notifiquei explicitamente pra não fazer uma coisas ele foi lá e fez. Tem que tomar cuidado mesmo e verificar o processo todo de execução que ele faz.
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tambem vi isso acontecer nos meus projetos... removendo linhas nada ver, e tive que fazer um ctrl-z para reverter e usar no vscode com o github copilot com api key do gemini que só tava liberado o 2.5 pro e flash-preview