Para Python eu gosto muito de Flask e Django e empacotar tudo com Electron se for software, se for web já é nativo, muitas dessas funções comuns já estão prontas e testadas, acelera muito o desenvolvimento. Atenção a segurança se for software distribuível, precisa de encriptação, assinatura, certificado a parafernália toda e eu ainda faria uma boa obfuscação do código.