Eu trabalhei no maior ERP do mercado, o que não quer dizer que ele seja o melhor, pelo contrário. Eu já analisei muitos produtos, sei qual é a complexidade e controladoria é das que eu mais mexi, e das mais simples comparando com fiscal, faturamentos, compras, estoque, produção, folha, etc. Até ativo é mais complicado, só contabilidade, que pode fazer parte da controladoria é mais simples (geralmente). Inclusive vários atendem bem empresas de engenharia. A parte de custos pode ser mais desafiante mesmo.

Eu não sei se vocês têm algo muito específico e pelo que entendi o ERP já era próprio. Nem estou falando para pegar um "de prateleira" e personalizar, mas me pareceu, ainda agora, que não era o caso de fazer outro. Mas pode ser que ainda falte mais informações para eu entender isso, o que me deixa bem curioso. Mas também não acho ruim comprar um pronto e personalizar, desde que a escolha seja acertada e tenha boa aderência. Não estou dizendo que deveria ser a a primeira ideia, mas ela deveria ser considerada.

O que você descreveu que existe um problema de gestão na empresa, não no sistema. Não acho uma boa ideia o sistema se ajustar à empresa quando ela está fazendo errado. E como você disse que teve que convencer os superiores a fazer algo novo, passa a impressão que alguém mais de cima deveria parar, olhar o todo e ver que o problema está em outro lugar e não no sistema.

O que o sistema atual não faz pode passar a fazer.

Enfim, a decisão já está tomada, bom para você poder por no currículo que fez um sistema do zero, não vai mudar a minha vid, mas estou responsendo mais para outras pessoas que se encontrem em situação parecida. De qualquer forma eu não tenho informações suficientes para cravar se foi um acerto ou um erro, e quem estiver lendo isso também tomará decisões, agora olhando para os dois lados, mas terá que fazer de acordo com uma necessidade que eu desconheço.

Na dúvida, e tendo a chance eu tentaria fazer outro também, mas eu sei que poderia não ser a melhor decisão para empresa. E eu não faria usando JavaScript, mesmo que atenda, mas isso é outra questão.