Pra mim faz sentido que, caso tenha algo selecionado, executa só a seleção. Se não tiver nada selecionado, executa todo arquivo.
Mas entendo que é algo passível de ter uma configuração para que o usuário possa escolher como quer. Mas o padrão deve ser executar tudo.
Outra coisa que sugiro é, caso detecte a existência de mais de um comando, exibir um alerta de que todo o arquivo será executado. Um atrito leve que julgo ser justificável.
Gostei bastante dessa ideia, principalmente do alerta quando houver mais de uma instrução.
A ideia de ter um pequeno atrito antes de executar um arquivo com vários comandos pode ajudar a evitar execuções acidentais, sem tornar o fluxo normal muito mais complicado.
E a possibilidade de deixar esse comportamento configurável também é algo que estamos considerando.
Obrigado pelo feedback! Vou adicionar essa sugestão à nossa discussão no GitHub.