Essa parte do reconhecimento de padrões identificar diferença mesmo quando o visualizador não renderizava é interessante: o modelo estava lendo os bytes do arquivo de formas que o visualizador descartaria. Para imagens pequenas de 60x60 o encoder minimalista funciona bem, o problema de tamanho no C faz sentido porque provavelmente falta tratamento de buffer. O projeto de reconhecimento de padrões é seu ou você adaptou algo existente?