Boa modelagem — separar custo por km, lucro real e margem por hora resolve exatamente o problema que a maioria das ferramentas de gestão pra motorista ignora, esse "lucro fantasma" do custo diferido que você descreveu bem.

Uma coisa que costuma travar projeto assim com o tempo: a lógica do cálculo — as fórmulas, as premissas de depreciação, por que você decidiu amortizar IPVA por hora e não por km — fica só na sua cabeça e espalhada no histórico das planilhas. No dia que você quiser trazer alguém pra ajudar a evoluir isso (ajustar a fórmula de desgaste por tipo de trajeto que você está perguntando aqui, por exemplo) ou voltar você mesmo depois de meses, tem que reconstruir o raciocínio do zero.

O que funciona bem nesses casos é registrar as premissas e decisões de modelagem num arquivo de contexto do projeto — não documentação bonita, um .md com o histórico real: por que cada fórmula ficou assim, o que já foi testado e descartado — e separar o trabalho em agentes especializados por domínio: um cuida só da modelagem financeira, outro do app mobile, outro da ingestão de dados. Cada um lê aquele contexto fixo em vez de você reexplicar tudo de novo pra cada parte.

Na prática isso é o que permite tocar mais de um projeto assim ao mesmo tempo sem parar pra reconstruir contexto cada vez que muda de frente.

Escrevi um livro sobre montar esse tipo de sistema sem programar, link no meu perfil.