Considerando aplicações já consolidadas onde é garantida uma demanda razoável, sinto lhe dizer: colocar DB e o servidor de aplicações no mesmo EC2 é uma péssima idéia.
Mas considerando que aparentemente essa é mais uma abordagem exploratória, que pode ou não gerar receita, diminuir o custo é a melhor forma de diminuir o risco, e colocar ambos no mesmo EC2 pode ser uma boa ideia.
Encontrar a melhor configuração para isso é um desafio, e rodar em containers separados inicialmente simplificada a configuração, mas não alocação de recursos. Mas é possível sim limitar e reservar recursos (cpu e memória) para cada container, lembre de configurar isso.
Outra abordagem, que seria a escolhida por mim, é usar um banco de dados embutido (claro que estou falando do SQLite).
Qualquer uma das soluções vai servir para uma baixa demanda, por isso, fique livre em escolher o que vai ser melhor agora. Concentre seu esforço em entregar uma boa aplicação para que utilizar só um ec2 seja um problema (um bom problema).