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Geralmente o cnpj no banco é representada por text ou varchar

Você iria se surpreender, já trabalhei em muito banco que usa int no cnpj.

No meu caso, me expressei mal, é "breaking" change. Os b-trees distinguem A de a, por exemplo. Então basicamente meu indexes iriam para o lixo se a ingestão fosse mal feita (sem mandar tudo para uppercase como exemplo). O ponto é que eu nem estava atento a essa mudança, então se eu não ajustasse meu db antes, teria muito index com lixo e um sistema não performático.

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Mas nesse caso nem é muito necessário mudar algo no banco, só documentar bem para qualquer metodo atual ou futuro de ingestão faça a normalização, ou então criar o objeto cnpj e nele ter o metodo de normalize assim qualquer outro cnpj já se autonormaliza (exemplo bem genérico pois não conheço a stack)