Sobre inserir texto ou usar parser: pro app.json tem um meio-termo que é o jsonc-parser, a lib que o VS Code usa pros settings. O modify dele devolve só as edições de texto necessárias e o applyEdits aplica, então comentário, indentação e o resto do arquivo ficam como estavam, e você não precisa copiar o layout dos vizinhos na mão. Pra Podfile e Gradle não conheço nada equivalente que seja confiável, aí marcador e texto parecem o caminho mesmo.

Uma coisa que eu olharia é o .bak ao lado do arquivo. Em projeto que faz git add . ele vai parar no commit, e um build.gradle.bak dentro de android/app costuma confundir quem chega depois. Talvez valha jogar os backups numa pasta só e avisar no final pra adicionar no .gitignore.