Sobre o aviso de não hibernar o Linux nativo: num notebook o caso inverso também merece atenção. Se o Windows hibernar com a distro aberta (inclusive aquela suspensão que vira hibernação sozinha depois de um tempo), a VM fica congelada com o ext4 montado. Aí, se no boot seguinte alguém escolher o Kubuntu no GRUB, o kernel nativo monta uma partição que o outro kernel ainda acha que é dele, e quando o Windows voltar a VM continua escrevendo em cima com o cache antigo.

O jeito mais simples é desligar a hibernação no Windows com powercfg /h off. Uma trava a mais seria o boot pelo WSL gravar um marcador na partição e o desligamento limpo apagar, com um check no initramfs do boot nativo que para se encontrar o marcador. Não cobre tudo, mas já pega o caso de esquecer a distro aberta.