Julgo que alguns pontos não foram bem esclarecido, vou tentar esclarecer:

git add . <-- Comando ultilizado para "upar" todos os arquivos presente na pasta para o repositório externo.

O comando add não envia nada para repositório externo, como o github, por exemplo. As suas alterações são enviadas para um repositório remoto quando você usar o comando push.

Na vardade, o que o add faz é adicionar as alterações que serão consideradas no próximo commit. Então, quando utilizo git add . estou indicando ao git que tudo que foi alterado será comitado localmente quando utilizar o comando git commit.

Referência: 2.2 Git Basics - Recording Changes to the Repository

git merge {nome da branch a qual você quer fundir} <-- Ultilizado para juntar as branch, elas se fundirão com a main(branch principal)

O comando merge é utilizado para mergir qualquer branch na sua branch atual, sua branch atual não necessariamente é a branch main, como você mesmo explicou corretamente, pode-se utilizar checkout para mudar a branch atual.

Referência: Man page: git-merge

Por fim, espero ter ajudado e obrigado por publicar no tabnews, mantanha o hábito!