Acho que são coisas distintas, está forçando uma comparação de solução mais especilista com outra mas genérica...
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O grande ponto é todo ferramental que envolve um MCP vs CLI, como coloco no exemplo entre o mcp do jira e do github eu prefiro usar as alternativas via cli, para facilitar o uso basta criar uma skill, eu criei uma por exemplo qhe usa o gh cli + acli e faz oque eu preciso em uma linha se comando, consumindo o minimo possivel de tokens e contexto, entende?