Isso não é problema de banco de dados. Sua API provavelmente possui alto nível de acoplamento com banco. Em uma API bem projetada seu backend não sabe o que acontece no seu banco.
O problema hoje em dia é que existem tantos níveis de abstração, que o entendimento dos princípios de base se perdeu.

Recomendo dar uma lida no padrão de projeto
Repository e no princípio da inversão de dependência.