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Faz sentido — 80–90GB vs meus ~50GB bate com o ~2x que eu estimava.
Só um adendo na intuição "menos join = mais rápido": ela é verdadeira em geral, mas em lookup por PK o join custa microssegundos — o gargalo vira rede/parse muito antes. Vale rodar um EXPLAIN ANALYZE nas duas formas com a mesma consulta: se a diferença for <1ms, a tabela larga tá te custando 40GB pra empatar. Se der mais que isso, aí teu desenho ganha e eu que aprendo.

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Amigo, será que tem como você fazer as duas formas e fazer uma análise e postar aqui no Tabnews?
Já tem algum tempo que não estou fazendo o processo de importação dos cnpj, estou focando em oturas coisas no momento, mas gostaria muito de ver se esta teoria faz sentido ou não.
Seria bom ter um post no Tabnews sobre isto.