Pois é, fiz isso uma vez, achando que tava reduzindo e otimizando um site, mas deu uma baita dor de cabeça, pra nunca mais. Depois adotei uma prática de marcar o que poderia se tornar obsoleto com tag DELME, e então limpava na entrega. Mas aquilo que sobra depois de algumas manutenções acaba ficando.