Excelente crítica. O próprio nome da disciplina já deixa escapar uma confusão comum: Java é linguagem e plataforma, enquanto Spring, Quarkus ou Micronaut são os frameworks.
O ponto central que você levantou é a dor de quase toda pós-graduação na área: confundem "ensinar sintaxe de framework" com "ensinar arquitetura de software".
Aprender a colocar @RestController, @Column e chamar findById() é tutorial básico de introdução ao ecossistema. Arquitetura de verdade não é sobre decorar anotações do Spring, mas sim sobre entender os trade-offs:
Por que e quando NÃO usar JPA/Hibernate para evitar problemas clássicos de N+1 e consumo de memória em alta escala?
Como desenhar as fronteiras do domínio para que a regra de negócio não fique refém e acoplada ao framework web?
Como a aplicação se comporta sob concorrência real, falhas parciais de rede e gerenciamento de transações?
Sua frase resume perfeitamente: "Saber usar não é o mesmo que saber decidir". Enquanto os cursos focarem em ensinar onde colocar anotações em vez de ensinar a avaliar custos, restrições e consequências de design, continuarão formando operadores de framework em vez de arquitetos de software. Parabéns pela reflexão!