Eu não irei dar dicas de como vc proceder com MEI, até pq não sei direito.

Mas eu recomendo q contrate um contador especializado em TI na cidade onde vc mora. Sim, recomendo ser da cidade sua, pois ele será a ponte entre vc e a prefeitura da cidade q vc mora.
Vai por mim. Por mais q vc esteja sendo ilegal, na hora q vc aumentar o salário a ponto de não poder mais ser MEI, tem a etapa de transição e vc é obrigado a ter um contador nesse momento. Se já tiver o contador, o desespero vai ser menor e a dor de cabeça menor. Sem contar q ele pode te orientar melhor nessa parte de burocracia.

Boa sorte ai.