Eu sempre deixei o campo no banco de dados como TEXTO e creio que a maioria também.
Então se for ver no banco de dados não deve mudar nada, mas na aplicação é que deve, já que a regra de negócio de validar o CPF/CNPJ geralmente fica lá.
O banco de dados basicamente só armazena o valor.
Em resposta a CNPJ Alfanumérico: Impactos no SQL Server
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O post é para essa minoria e guiar especificamente com o SQL Server.