Eu faço uma estratégia parecida:
Eu faço o tratamento dos dados antes de inserir, removendo caracteres, linhas duplicadas e etc
Depois eu importo os dados para uma base de dados vazia através do bulk insert.
Logo em seguida eu faço o insert dos dados em outras tabelas já fazendo o tratamento de alguns dados, joins e indices.
No final tenho uma tabela gigantesca não só com os dados de estabelecimento, mas tbm da tabela empresas, simples nacional e demais, de forma que eu não precise fazer um Join para obter os dados, já que isto pode ser muito demorado dependendo da situação.