Eu crio no workspace uma pasta src ou projeto para o código e etc, fora desta pasta tem tudo que uso como documentação ou que não esteja ligado ao código por exemplo, como é o caso do agents.md. Geralmente eu crio a pasta docs onde eu coloco alguns arquivos que são como fonte de verdade para a IA, como especificacao.md, regras_negocio.md, plano_implementacao, panorama.md e etc.
Eu procuro deixar o mais documentado e atualizado possível.

Observação:
Eu criei uma skill para me ajudar nisto, dá uma olhada depois e se gostar dá uma estrelinha lá no Github:
https://www.tabnews.com.br/valterpatrick/criei-uma-skill-para-manter-um-arquivo-atualizado-com-o-panorama-do-projeto