Nenhuma ferramenta de vetorização é perfeita. É bem chato de fazer ajustes depois de vetorizado dessa forma, pois as "formas" da imagem que o programa vai gerar não necessariamente vão ser as mesmas que a gente espera. Já tive essa experiência com Corel PhotoPaint, Inkscape, e Vector Magic.

Se nada der certo, pode ser mais em conta re-criar a logo na mão, ou pagar um designer pra fazer isso por você. Depende da complexidade da sua logo.